Timothy Hutton a remporté l'Oscar, le Golden Globe et le Los Angeles Film Critics Award pour son interprétation dans Des Gens commes les autres de Robert Redford. Il a joué par la suite dans Taps de Harold Becker, qui lui a valu sa seconde citation aux Golden Globes, Daniel et Contre-Enquête de Sidney Lumet, Le Jeu du balcon de John Schlesinger, Made in Heaven d'Alan Rudolph, Le Déshonneur d'Elisabeth Campbell de Simon West, French Kiss de Lawrence Kasdan et Beautiful Girls de Ted Demme.

Il a été par la suite l'interprète de Sunshine State, écrit, réalisé et monté par John Sayles, dans lequel il a pour partenaires Jane Alexander, Angela Bassett et Edie Falco, et de Fenêtre secrète de David Koepp, avec Johnny Depp et John Turturro, d'après une nouvelle de Stephen King. Il a depuis incarné Paul Gebhard dans Dr. Kinsey de Bill Condon, face à Liam Neeson dans le rôle-titre, et a joué dans Vacances sur ordonnance de Wayne Wang, avec Queen Latifah. Il côtoie Angelina Jolie et Matt Damon dans Raisons d'état de et avec Robert De Niro puis Sharon Stone dans When a Man Falls in the Forest de Ryan Eslinger.

Il est membre de la New York's Circle Repertory Company et a mis plusieurs pièces en scène, dont « Busted » pour la compagnie new-yorkaise Naked Angels. Il a créé le rôle principal de « Prelude to a Kiss » de Craig Lucas à Broadway et de « Babylon Gardens » avec Mary Louise Parker. Il a joué à Los Angeles « The Oldest Living Graduate », avec Henry Fonda.

Il a produit et interprété le téléfilm Mr. & Mrs. Loving, écrit et réalisé par Richard Friedenberg, et a assuré la production exécutive et la réalisation de la série à succès « Nero Wolfe ». Il a tenu le rôle-titre de « Aldrich Ames : Traitor Within » et a joué dans le docudrama « WWIII ». Après le succès de son interprétation dans « A Nero Wolfe Mystery : The Golden Spiders », la chaîne A&E est revenue vers lui pour qu'il réalise, interprète et soit producteur exécutif de plusieurs autres adaptations de Nero Wolfe. Ces films ont été diffusés pour la première fois à l'été 2001 et ont connu le succès pendant deux ans. Il a également tenu un rôle régulier dans « Kidnapped ».

Il a réalisé plusieurs clips vidéo dont « Drive » de The Cars, « Not Enough Love in the World » de Don Henley, et le film de concert de Neil Young, Freedom. Il a écrit et réalisé un épisode des « Histoires extraordinaires ».

Il est aussi le réalisateur d'un long métrage, Digging to China, interprété par Kevin Bacon et Mary Stuart Masterson et salué au Festival de Sundance 1998.